瓦屋山地处中国雨水最密集的“华西雨屏”区域，拥有国际性受胁鸟类灰胸薮鹛、金额雀鹛、暗色鸦雀、四川旋木雀等有9种鸦雀和8种噪鹛，是中国最适合观赏鸦雀类和噪鹛类的地方之一，还有国家一级保护鸟类中华秋沙鸭、黑鹳、黑颈鹤等。瓦屋山森林覆盖率98%以上，森林密布、水源充沛，生物多样性丰富，还是大熊猫、牛羚（羚牛）、云豹、藏酋猴、小熊猫、豹猫、林麝等珍稀野生动物繁衍生息的乐园。